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请修改当前 RNA 二级结构可视化中的“配对概率”视图,重点不是简单美化,而是修正可视化语义和可读性。 如图: 当前问题:

  1. 现在用同一种绿色的不同透明度表示概率,用户几乎无法区分不同概率值。
  2. 当前视图容易让人误解“配对概率”到底表示节点概率还是边概率。
  3. 小尺寸视图下,透明度编码效果很差,截图后更不清楚。
  4. 右侧图例是 0~1但图中节点颜色变化不够清晰。

修改目标:

  1. 不要再使用“同色 + alpha透明度”作为主编码。
  2. 改成“固定不透明度 + 明确的颜色梯度”来表示数值大小。
  3. 优先使用单调、感知一致的 colormap例如 viridis / plasma / magma不要用当前这种浅绿色透明度方案。
  4. 节点颜色必须在 0~1 范围内有清楚区分,低值和高值要一眼能看出。
  5. 右侧 colorbar 要和图中实际颜色完全一致。
  6. 保持当前布局基本不变,不要先大改 UI。

语义要求:

  1. 如果当前数据实际上是“每个碱基的边际配对倾向 / per-base probability”那么按钮或图例文字不要再直接写 Pair probabilities而要改成更准确的名称例如
    • Per-base pairing probability
    • Base-wise pairing score
    • Marginal pairing probability
  2. 如果当前数据确实是配对矩阵 P(i,j),那就不要只给节点上色,后续需要支持把概率映射到配对边上。

这一步先做的事情:

  1. 先保留当前节点着色模式。
  2. 去掉 alpha 映射,改成纯颜色映射。
  3. 调整图例标题,使其准确表达“节点值”而不是“边值”。
  4. 检查节点、文字、主链、配对线在高低概率下是否仍然清晰可读。

验收标准:

  1. 同一颜色不同透明度的问题被彻底移除。
  2. 在小图类似当前截图尺寸0.2、0.5、0.8 三档能明显区分。
  3. 用户不会再把这个图误解为“边概率图”。
  4. 代码尽量少改,先保证现有功能可用。

请直接修改代码,并说明:

  1. 改了哪些绘图参数
  2. 改了哪些 label / title / legend 文案
  3. 如果当前数据语义和 Pair probabilities 不一致,请明确指出并给出更合适命名