np_app/rna/操作流程.txt

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1.8 KiB
Text
Raw Blame History

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准备工作:
在 Windows 界面中搜索 控制面板 打开 程序-程序和功能-启动或关闭 Windows 功能-勾选‘适用于 Linux 的 Windows 子系统’与‘虚拟机平台’后点击确定后重启电脑
在 Microsoft Store 中下载 Ubunut
按 Win+X 键 点击 ‘命令提示符(管理员)’ 输入 wsl --install 后回车。下载完毕后关闭即可。 如果遇到链接失败就是网络问题,链接手机热点后重新输入+回车即可
安装:打开 Ubunut
将群内的所有压缩包直接保存在D盘
nupack 安装
mkdir nupack-latest
cd nupack-latest
cp /mnt/d/nupack-4.1.0.1.zip ./nupack-outer.zip
sudo apt install unzip
unzip nupack-outer.zip
unzip nupack-4.1.0.1.zip
cd ..
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
/bin/bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -b
miniconda3/bin/conda update -n base -c defaults conda
rm Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
export PATH=$HOME/miniconda3/bin:$PATH
echo 'export PATH=$HOME/miniconda3/bin:$PATH' >> ~/.bashrc
conda install numpy scipy pip matplotlib pandas jupyterlab
pip install -U nupack -f ./nupack-latest/nupack-4.1.0.1/package
jupyter lab
RNAplot 安装
mkdir rna
cd rna
cp /mnt/d/ViennaRNA-2.7.2.tar.gz ./
tar -zxvf ViennaRNA-2.7.2.tar.gz
cd ViennaRNA-2.7.2
(可能出现报错的解决方法
sudo apt update
sudo apt install build-essentia
sudo apt install pkg-config
./configure
make
sudo make install
图片美化方法
将生成后的svg图片保存在一个文件夹内并将该文件夹与群内的 py 文件保存在一个文件夹。后 Shift+鼠标右键 点击在此处打开 Powershell 窗口后
输入命令
python TrnaStructureBeautifier.py -i 文件夹名称 用于指定一个文件夹
python TrnaStructureBeautifier.py -i 文件名称 用于指定一个文件