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选择 rna-dna06 或 rna-merna06 后，Domain 约束必须显式标注小写材料前缀。点击“插入混合片段模板”可生成可直接编辑的起点：
RNA/DNA: mixed1 = rN6dN6
+RNA/2′OMe: mixed1 = rN6mN6
+材料也可设计: mixed1 = wN12r、d、m 分别表示 RNA、DNA、2′OMe-RNA；w 表示 wildcard material。材料前缀不计入碱基长度，IUPAC 约束与计数仍可组合，例如 rS4dN8。
链输入仍推荐填写 Domain composition，例如 A = mixed1、B = ~mixed1。反向互补由所选模型的 material alphabet 计算，结果和“载入为 Analysis”都会保留材料前缀。
Hard constraint 是“必须满足”的约束，写错会让设计空间为空，或直接报错。
| 阶段 | 建议设置 | 目的 |
|---|---|---|
| 输入检查 | 1 trial，max size 2，f_stop=0.1–0.2，填写明确的最大时间 | 先确认 targets、结构和约束可行，并快速暴露填写错误。 |
| 正式设计 | 从已验证输入逐步收紧 f_stop；确有需要时再增加 trials | 获得候选序列。每个 trial 都是一次完整随机搜索，不是免费的重复采样。 |
| 最终验证 | 把设计结果载入 Analysis，以 max size 3–4 检查更大的复合物集合 | 保留严格的最终热力学验证，同时避免在每一步优化迭代中反复枚举大集合。 |
分阶段流程会改变“在哪个阶段计算哪些集合”，但不会偷减最终验证。若研究目标明确要求在优化目标中直接包含 size 3–4 off-target，应保留该设置并给任务填写最大时间。
+NUPACK design 是优化问题，不是一次性的结构分析。影响耗时的主要因素：
当前服务已显式设置 NUPACK 的 config.threads，不再只依赖 OMP_NUM_THREADS。本地 NUPACK 源码里有 NUPACK_CUDA 编译选项，但当前 wheel/镜像不是 CUDA 构建；直接“打开 GPU”不能生效，除非重新编译 NUPACK 的 CUDA 版本并替换镜像里的 wheel。
页面的“设计预检”会实时显示可变碱基数、固定目标数和复合物上限，并提醒无限时长、严格停止阈值、多 trial 与大 off-target 集合。它只做估算和提示，不会改写提交参数。
+当前服务会按 CPU 和内存自动限制同时运行的任务数，并已显式设置 NUPACK 的 config.threads。这些调度参数不改变模型、约束或结果目标；它们主要用于防止多个 8–9 GB 任务把机器内存耗尽。增加线程不保证单个 design 等比例加速，因为部分优化阶段主要使用单核；多任务通常比单任务更容易占满多核。增加内存本身也不会让搜索更快，只会减少 OOM、换页和缓存压力。
当前 NUPACK 4.1.0.1 wheel/镜像不是 CUDA 构建，且官方分发包中没有附带 source/ 源码树；直接填写环境变量或安装显卡不能生效。GPU 路线需要重新编译或替换核心 wheel，并对结果一致性与稳定性重新测试。
任务状态、资源占用和最近计算。