升级 NUPACK 4.1 并支持混合材料设计

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-请修改当前 RNA 二级结构可视化中的“配对概率”视图，重点不是简单美化，而是修正可视化语义和可读性。
-如图：[[1.png]]
-当前问题：
-1. 现在用同一种绿色的不同透明度表示概率，用户几乎无法区分不同概率值。
-2. 当前视图容易让人误解“配对概率”到底表示节点概率还是边概率。
-3. 小尺寸视图下，透明度编码效果很差，截图后更不清楚。
-4. 右侧图例是 0~1，但图中节点颜色变化不够清晰。
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-修改目标：
-1. 不要再使用“同色 + alpha透明度”作为主编码。
-2. 改成“固定不透明度 + 明确的颜色梯度”来表示数值大小。
-3. 优先使用单调、感知一致的 colormap（例如 viridis / plasma / magma），不要用当前这种浅绿色透明度方案。
-4. 节点颜色必须在 0~1 范围内有清楚区分，低值和高值要一眼能看出。
-5. 右侧 colorbar 要和图中实际颜色完全一致。
-6. 保持当前布局基本不变，不要先大改 UI。
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-语义要求：
-1. 如果当前数据实际上是“每个碱基的边际配对倾向 / per-base probability”，那么按钮或图例文字不要再直接写 Pair probabilities，而要改成更准确的名称，例如：
-   - Per-base pairing probability
-   - Base-wise pairing score
-   - Marginal pairing probability
-2. 如果当前数据确实是配对矩阵 P(i,j)，那就不要只给节点上色，后续需要支持把概率映射到配对边上。
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-这一步先做的事情：
-1. 先保留当前节点着色模式。
-2. 去掉 alpha 映射，改成纯颜色映射。
-3. 调整图例标题，使其准确表达“节点值”而不是“边值”。
-4. 检查节点、文字、主链、配对线在高低概率下是否仍然清晰可读。
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-验收标准：
-1. 同一颜色不同透明度的问题被彻底移除。
-2. 在小图（类似当前截图尺寸）下，0.2、0.5、0.8 三档能明显区分。
-3. 用户不会再把这个图误解为“边概率图”。
-4. 代码尽量少改，先保证现有功能可用。
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-请直接修改代码，并说明：
-1. 改了哪些绘图参数
-2. 改了哪些 label / title / legend 文案
-3. 如果当前数据语义和 Pair probabilities 不一致，请明确指出并给出更合适命名